Papa Franjo je od početka svog stolovanja izazvao je brojne kontroverze. Neki su ga vidjeli kao nužan dah novog vremena i modernizacije denominacije koja se suočava s gubitkom vjernika. Tvrdolinijaši u Vatikanu, ali i na drugim mjestima i van klera smatrali su ga previše liberalnim jer Franjo je stvarno odstupao od krutih kršćanskih dogmi, pogotovo kad se radi o LGBTQ zajednici.
Slučajno ili se umiješao prst sudbine, zadnji susret je bio s američkim potpredsjednikom JD Vanceom s kojim se porječkao zbog stava oko migranata. Iako je Papa u svom odnosu slijedio Isusov nauk koji je pozivao na toleranciju i prihvaćanje različitosti, JD Vance koji mijenja denominacije kao čarape, rođen u evangelističkoj sredini, tijekom studija na Yaelu bio je ateist, pa 2019. postao katolik, zagovara krut stav prema migrantima.
Papa je pomaknuo i granice što se tiče homoseksualaca koji su tradicionalno ostracizirani iz Crkve i nailaze na brojna nerazumijevanja vjernika. Iako je Papa uveo brojne promjene tijekom boravka na čelu Katoličke Crkve, nije uspio završiti ovozemaljski život bez kontroverzi i fertutmi.
Najveća kontroverza koja je obilježila njegovo stolovanje je definitivno odnos s pandemijom pedofilije koja hara među klerom. Posebno je u pamćenje urezana 2018. kada je Papa posjetio Čile. Franjo je tada stao u obranu biskupa Juana Barrosa koji je za vratom imao optužnicu da je štitio notornog zlostavljača, Fernanda Karadimu.
Monstruozni svećenik je 2011. optužen za zlostavljanje maloljetnika, a biskup Barros je optužen da je znao za odvratan čin, ali nije reagirao i prijavio ga. Papa je rekao da su optužbe protiv Barrosa klevete bez dokaza, što je izazvalo brojne reakcije unutar crkve.
Nakon velikog pritiska svećenika, novinara i žrtava i njihovih obitelji, Papa je po povratku u Rim poslao istražitelje koji su dokazali da je Barros stvarno znao za zlostavljanja.
Franjo se posuo pepelom i priznao grešku te se ispričao žrtvama zbog obrane Barrosa. Druga kontroverza tijekom njegove vladavine bila je kronična i razgranata korupcija koja je tresla Vatikansku banku. Iako je Franjo odmah nakon dolaska na vlast 2013. uveo reforme kako bi zaustavio korupciju, banka je i dalje za sobom vukla kontroverze, pronevjere i kleptomaniju.
Iako je Franjo zatvorio preko 3000 sumnjivih računa i izvršio unutrašnje revizije te natjerao Vatikansku banku koja se često dovodila u vezu s mafijom da prvi put u svojoj povijesti objavi godišnje financijsko izvješće, kontroverze nisu izostale.
Franjo je doživio veliki udarac kada je kardinal i bliski papin suradnik Angelo Beccia optužen za pronevjeru sredstava i to milijuna eura namijenjenih siromašnima. Taj novac je završio u luksuznim zgradama u Londonu. Beccia je bio jedan od najviših crkvenih dužnosnika ikada optuženih za financijske malverzacije, a suđenje je započelo 2021. U prosincu 2023. Beccia je osuđen na pet godina zatvora.
Kontroverze povezane s Vatikanskom bankom (IOR) i investicijama u nekretnine u Londonu, posebno u zgradu na adresi 60 Sloane Avenue u Chelsea, uključuju višemilijunske gubitke, optužbe za prijevaru, pranje novca i političke skandale. Povezanost kardinala Pietra Parolina, glavnog kandidata za Franjina nasljednika, s tim događanjima izazvala je dodatnu pažnju. Vatikanska investicija u ovu londonsku nekretninu započela je 2014. godine, kada je kupljen manjinski udio, a 2018. godine postigla je punu vlasničku kontrolu. Kupovina je provedena putem tvrtke Gutt SA, registrirane u Luksemburgu, koju je kontrolirao talijanski investitor Raffaele Mincione. Plan je bio preurediti zgradu u luksuzne apartmane, no projekt je zapao u probleme zbog nedostatka potrebnih dozvola, što je dovelo do značajnih financijskih gubitaka za Vatikan, pisao je Financial Times.
Kardinal Pietro Parolin, tadašnji vatikanski državni tajnik, bio je izravno uključen u ovu investiciju. U ožujku 2019. godine, Parolin je zatražio od Vatikanske banke (IOR) kratkoročni zajam od 150 milijuna eura kako bi refinancirao hipoteku na ovu nekretninu. U pismu je naveo da su "neke valjane investicije" u inozemstvu zahtijevale "povjerljivost" i da zbog tržišnih uvjeta nije mogao povući sredstva iz vlastitog odjela. Iako nije optužen za nezakonite radnje, Parolin je bio pod povećalom zbog moguće odgovornosti u vezi s ovom investicijom. Njegova uloga uključivala je i imenovanje nadbiskupa Edgara Peñe Parre, koji je odobrio isplatu sredstava za kupnju nekretnine. Nakon što je transakcija postala predmet istrage, Parolin je priznao da je investicija bila "loša" i obećao razjasniti okolnosti. Investicija je rezultirala velikim financijskim gubicima za Vatikan, koji je 2022. godine prodao zgradu za 180 milijuna funti, a izvorna kupovna cijena bila je 275 milijuna funti.
Istituto per le Opere di Religione (IOR) jedna je od najjačih institucija na svijetu po pitanju likvidnosti. Imali su 2023. godine 30,6 milijuna eura neto prihoda, a ukupna imovina klijeanta iznosila je 5,4 milijarde eura.
